Il team di produzione voleva anche ancorare Doctor Who più saldamente alla realtà e ai fatti scientifici. A tal fine, Davis iniziò a intervistare diversi scienziati di fama in cerca di qualcuno che potesse fornire consigli creativi. Ebbe discussioni improduttive con il gerontologo Dr. Alex Comfort (in seguito autore di The Joy Of Sex), l'ingegnere elettrico Eric Laithwaite dell'Imperial College e l'astronomo Patrick Moore (conduttore di The Sky At Night). Infine, Davis incontrò il Dr. Kit Pedler, un ricercatore dell'Università di Londra specializzato nella retina.

Dall'ufficio di Davis era visibile la General Post Office Tower a Fitzrovia, Londra. Centro della rete di telecomunicazioni del Regno Unito, la Torre era stata costruita tra il 1961 e il 1964 e fu inaugurata ufficialmente dal Primo Ministro Harold Wilson l'8 ottobre 1965. L'edificio più alto del paese avrebbe dovuto essere inaugurato al pubblico a maggio. Per valutare l'idoneità di Pedler per Doctor Who, Davis gli chiese di immaginare cosa sarebbe potuto accadere se la Post Office Tower avesse preso il sopravvento; era una domanda che aveva posto ai candidati precedenti, suscitando solo risposte poco fantasiose. Pedler, tuttavia, suggerì immediatamente che un simile evento avrebbe potuto essere perpetrato da un computer non autorizzato. Immobile all'interno della Torre, avrebbe agito tramite telefono e agenti robotici.

In seguito a questo incontro, Lloyd e Davis non solo avevano trovato il loro "consulente scientifico", ma avevano anche le premesse per una nuova trama, che fu ulteriormente sviluppata da Davis. Lo sceneggiatore della BBC Pat Dunlop fu quindi incaricato di espandere la trama, ora chiamata "The Computers", in una sceneggiatura completa. Dopo aver scritto una bozza del primo episodio, tuttavia, Dunlop chiese di essere rimosso dall'incarico in modo da poter assumere il ruolo di consulente alla sceneggiatura di Dixon Of Dock Green. Davis invitò invece Ian Stuart Black a subentrare. Black aveva appena completato The Savages, la storia che avrebbe preceduto "The Computers"; ricevette l'incarico il 15 marzo.

A fine marzo, Black iniziò a consegnare le sue sceneggiature con il titolo "The War Machines"; alcuni documenti lo chiamano anche "The War Of The Machines". L'intenzione di Black era che coloro che erano sotto il controllo di WOTAN fossero riconoscibili perché le loro mani avrebbero assunto un aspetto scheletrico, costringendo personaggi come Dodo e il Professor Brett a indossare guanti per nascondere questo segno. Il primo nome di Sir Charles Summer era inizialmente Robert, mentre il cognome del giornalista Roy Stone era Pails. Il vagabondo ucciso nel magazzino era in origine un turista australiano.

Le sceneggiature di Black introdussero anche un nuovo compagno chiamato Richard (o "Rich") per sostituire Steven Taylor, che era stato escluso in The Savages. Come originariamente previsto per The War Machines, Dodo e Rich si incontrarono al nightclub Inferno, dove si dimostrarono ostili e poi civettuoli. Quando il Dottore scoprì che Dodo era stata ipnotizzata da WOTAN, lei fuggì e tornò al computer. Più tardi, Rich la trovò a lavorare in un magazzino per costruire War Machines, e lei facilitò la sua fuga. Rich si imbarcò clandestinamente a bordo del TARDIS alla fine dell'avventura, unendosi al Dottore e a Dodo nei loro viaggi.

A metà aprile, tuttavia, Lloyd e Davis decisero di fare piazza pulita di compagni, e il contratto di Jackie Lane fu esteso solo fino al secondo episodio di "The Computers". L'imminente uscita di scena di Steven e Dodo da Doctor Who fu rivelata al pubblico il 26 aprile. Temendo che Doctor Who rischiasse di apparire obsoleto, Lloyd e Davis erano ansiosi di introdurre personaggi più alla moda e in sintonia con i favolosi anni Sessanta. Ben Jackson – come Rich era stato ribattezzato – era già stato progettato per adattarsi a questo modello, e si pensava che una giovane donna adulta lo avrebbe completato meglio della tipica adolescente precedentemente preferita da Doctor Who. Pertanto, Lloyd e Davis crearono la sostituta di Dodo, Polly; il suo cognome previsto, Wright, non fu mai rivelato sullo schermo.

A Black fu chiesto di modificare le sue sceneggiature per eliminare Dodo e far sì che sia Ben che Polly si unissero al Dottore alla fine della storia. Ora era Polly, e non Dodo, a sviluppare un rapporto di cameratismo con Ben all'Inferno. Il Dottore curò Dodo, che aveva subito il lavaggio del cervello, nell'Episodio Due, dopodiché fu spedita in campagna per riprendersi, fornendo al personaggio l'uscita di scena. Polly assunse quindi il ruolo di Dodo per la seconda metà dell'avventura.

Il ruolo di Polly andò ad Anneke Wills, che la produzione aveva incontrato qualche settimana prima quando suo marito, Michael Gough, interpretava il cattivo principale in The Celestial Toymaker. L'apprezzamento di Gough per il periodo trascorso in Doctor Who contribuì alla decisione di Wills di accettare la parte, nonostante fosse stata avvertita che lavorare con William Hartnell stava diventando sempre più difficile. Per il ruolo di Ben fu scelto Michael Craze, il cui fratello, Peter, aveva recitato in The Space Museum nella stagione precedente. Anche Frazer Hines si contese la parte, ma fu scelto per il ruolo di Jamie McCrimmon diversi mesi dopo. Sia Wills che Craze firmarono per quattro serie, lei il 25 maggio e lui il giorno dopo. Un photocall per i due nuovi attori fissi si tenne il 23 giugno.

Il regista incaricato di "The War Machines" fu Michael Ferguson, che due anni prima era stato assistente responsabile di sala in "The Daleks". Le riprese iniziarono il 22 maggio. Quella giornata fu trascorsa in diverse location londinesi, anche se, purtroppo, non alla Torre stessa. Il 5 maggio, l'ufficio postale aveva informato Ferguson di non poter consentire l'accesso al team di Doctor Who, per timore di interferire con l'apertura al pubblico dell'edificio. Il TARDIS si materializzò a Bedford Square a Bloomsbury, dove si trovava anche l'esterno del Royal Scientific Club. La cabina telefonica attaccata da una War Machine si trovava a Charlotte Place a Fitzrovia, e passò attraverso i cassonetti della spazzatura di Gresse Street. Altre scene di strada furono girate a Berners Mews, Maple Street e Conway Street, tutte a Fitzrovia, vicino alla Torre dell'ufficio postale.

Seguirono tre giorni presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra. Il 23 e 24 maggio si concentrarono sulle sequenze nel magazzino dove vennero costruite le War Machine. Il backlot di Ealing fu utilizzato il 25 maggio per il materiale al mercato. Il 26 maggio la troupe tornò in diverse location londinesi. Il Dottore catturò la War Machine ai Cornwall Gardens di Kensington, mentre le scene di strada con Ben furono girate al Covent Garden Market e a Bow Street a Covent Garden.

I lavori in studio iniziarono il 10 giugno; come di consueto, ogni episodio fu registrato in venerdì consecutivi al Riverside Studio 1 di Hammersmith, Londra. Nel frattempo, l'oggetto di scena del TARDIS subì il suo primo importante restauro. Questo lavoro includeva una verniciatura, durante la quale il distintivo della St John Ambulance sulla portiera, che era diventato sempre più nascosto, fu rimosso e mai più sostituito. Non sarebbe tornato all'esterno della cabina di polizia fino al 2010. Per la prima volta, ogni puntata di The War Machines iniziava con una speciale sequenza animata, progettata da Bernard Lodge, per annunciare il titolo, l'autore e il numero dell'episodio. Questa era una pratica che sarebbe stata impiegata sporadicamente negli anni successivi.

Il 17 giugno segnò l'ultimo coinvolgimento di Jackie Lane in Doctor Who. Il 20, Lloyd le inviò una lettera scusandosi per essere diventata "vittima delle circostanze" e augurandole il meglio per il futuro. Nel frattempo, William Hartnell aveva difficoltà ad adattarsi ai suoi nuovi compagni di cast. Sebbene cercasse di far sentire Wills e Craze benvenuti in Doctor Who, entrambi avevano un approccio alla recitazione molto diverso da quello di Hartnell. Anche la salute del protagonista era in netto peggioramento negli ultimi mesi. Hartnell era ora fisicamente più fragile e la sua memoria si era deteriorata al punto che ricordare le battute stava diventando una vera sfida. Tutti questi fattori influenzavano l'umore di Hartnell, facendolo apparire frustrato e combattivo.

Gli eventi estivi hanno sconvolto i palinsesti della BBC durante la trasmissione di The War Machines. Il 25 giugno, il primo episodio non ha preceduto The Munsters come di consueto; invece, gli highlights del torneo di tennis di Wimbledon sono andati in onda dopo il notiziario e le previsioni del tempo. Il 2 luglio, lo stesso evento ha spostato il secondo episodio in avanti di ottanta minuti, alle 18:55. È stato preceduto da Summer Grandstand e dall'aggiornamento delle notizie, e seguito dal film western del 1947 Ramrod. Le cose sono tornate normali per la trasmissione del terzo episodio il 9 luglio, tranne per il fatto che Quick Before They Catch Us si era spostato nella fascia oraria successiva a Doctor Who, scambiandosi di posto con The Munsters. Il 16 luglio, l'ultima puntata di The War Machines si è spostata nello spazio normalmente occupato da Juke Box Jury, subito dopo Grandstand , per ospitare gli highlights del Royal Tournament più tardi in serata.

La quarta parte di The War Machines è stata anche il finale della terza stagione di Doctor Who; il blocco della produzione sarebbe continuato per un'altra serie, con The Smugglers rinviato all'inizio della quarta stagione a settembre. Nel frattempo, Innes Lloyd aveva finalmente ottenuto il permesso di sostituire William Hartnell con un nuovo attore. Il predecessore di Lloyd, John Wiles, ci aveva provato mesi prima, solo per incontrare l'opposizione dei suoi superiori della BBC. Ora, tuttavia, la salute e il comportamento di Hartnell erano peggiorati al punto che la tesi di Lloyd era sufficientemente convincente. Mentre lo schermo si oscurava sulla terza stagione, gli spettatori non potevano rendersi conto di quanto il volto di Doctor Who stesse per cambiare, per sempre...

Per ogni episodio, i titoli di apertura sono caratterizzati da una grafica speciale con "lettere computerizzate". È la prima volta che vengono utilizzate didascalie speciali all'inizio di ogni episodio. Invece di una sovrapposizione del titolo, dopo che il logo di Doctor Who è sbiadito, lo schermo si sposta su uno sfondo pieno contenente quattro rettangoli di colore inverso allineati lungo il lato sinistro (che ricordano le vecchie schede perforate dei computer). Il titolo, una parola alla volta, scorre verso l'alto - "THE", "WAR", "MACH", "INES" - con un flash finale che mostra il titolo completo su due righe. Un altro flash rivela l'autore, il flash successivo rivela la parola "EPISODE" e il flash finale mostra il numero effettivo dell'episodio. Tutte le lettere visualizzate in questa sequenza di titoli sono mostrate in un font retrò. Ciascuna delle sequenze dei titoli dei quattro episodi presenta lievi variazioni.

Due nuovi attori si uniscono al cast: Anneke Wills, nel ruolo della segretaria Polly Wright, e Michael Craze, nel ruolo del marinaio Ben Jackson. Michael Craze presta anche la voce a un poliziotto presente nel quarto episodio.

Poiché il contratto di Jackie Lane è scaduto a metà della produzione di questa storia, lei non compare più dopo il secondo episodio; la partenza di Dodo, alla fine della storia, viene comunicata al Dottore da Polly.

Il conduttore del telegiornale Kenneth Kendall e l'annunciatore radiofonico Dwight Whylie appaiono nei panni di se stessi. Questa è la prima volta che dei veri conduttori del telegiornale appaiono nei panni di se stessi nella serie. Dal revival della serie nel 2005, questo è diventato un evento regolare in tutte le storie contemporanee.

WOTAN viene menzionato nei titoli di coda dei primi tre episodi. Questa è l'unica volta nella storia della serie che una creazione di fantasia riceve un riconoscimento nel cast.

WOTAN si pronuncia "Votan", come, si spiega, a volte veniva pronunciato il dio norreno. WOTAN è però l'acronimo di Will Operating Thought ANalogue, il che indica la sua capacità di connettersi al cervello umano. WOTAN si riferisce al Dottore in tutto il dialogo come "Doctor Who". Questa è l'unica volta in cui il Dottore viene menzionato in questo modo nei dialoghi (sebbene sia accreditato come tale in quasi tutti gli episodi fino a quelli della diciottesima stagione inclusi), adotta lo pseudonimo di "Doctor von Wer" - una rozza approssimazione tedesca di "Doctor Who" - in " The Highlanders " e si firma "Dr.W' in " La minaccia sottomarina""). Sebbene non ci sia nulla nella serie che la contraddica direttamente, molti fan ritengono che WOTAN abbia chiamato il Dottore in questo modo un errore e diverse teorie hanno cercato di spiegarlo, una delle quali sostiene che WOTAN potrebbe essere stata male informata, poiché ha anche descritto il Dottore come "umano".

In realtà è stato costruito solo un oggetto di scena di War Machine; il team di produzione ha cambiato i numeri per rappresentare le diverse macchine.

Questa storia è la prima di Doctor Who ad essere completamente ambientata su una Terra contemporanea. I precedenti atterraggi del TARDIS negli anni '60 sono stati brevi (la sequenza dell'Empire State Building in " The Chase ", diversi atterraggi durante " The Daleks' Master Plan ", la sosta a Wimbledon Common in " The Massacre of St. Bartholomew's Eve ") o eccezionali (" Il pianeta dei giganti ", dove l'equipaggio del TARDIS è stato ridotto alle dimensioni di insetti e non poteva interagire completamente con gli umani odierni). Qui, per la prima volta, vediamo il Dottore assumere un ruolo da protagonista in La protezione del pianeta, che da qui in poi diventa un tema ricorrente della serie.

La decisione di ambientare più episodi sulla Terra odierna fu presa perché i produttori ritenevano che il pubblico si stesse annoiando con gli episodi puramente storici che fino a quel momento erano stati un elemento importante della serie. Di conseguenza, questa storia segna l'inizio dell'allontanamento dalle storie storiche. Le due storie storiche successive, " The Smugglers " (che segue immediatamente "The War Machines") e "The Highlanders" della quarta stagione , sarebbero state le ultime storie storiche fino a " Black Orchid " della diciannovesima stagione.