Verso la fine dell'estate, Patrick Troughton decise che avrebbe lasciato Doctor Who alla fine della sesta stagione, e che quindi queste sarebbero state le ultime avventure del Secondo Dottore. Il 4 novembre, il contratto di Troughton fu esteso per includere la serie di Sherwin. A questo punto, si sapeva che Frazer Hines avrebbe lasciato Doctor Who nello stesso momento, ma Bryant e Sherwin speravano di convincere Wendy Padbury a rimanere per la settima stagione. Il nuovo anno non solo avrebbe visto Doctor Who trasmesso a colori per la prima volta, ma avrebbe anche presentato un formato rinnovato, in cui il Dottore era abbandonato sulla Terra dei giorni nostri. Sherwin aveva già scritto The Invasion all'inizio del blocco di registrazione come episodio pilota per questo approccio, e la sua serie successiva avrebbe stabilito il nuovo status quo.

Sfortunatamente, Bryant e Sherwin non apprezzarono il lavoro di Hulke su "The Impersonators" e, a metà novembre, sembra che anche la storia di Sherwin avesse incontrato dei problemi. Si decise invece di unire entrambi gli slot in un gigantesco Serial ZZ di dieci episodi, la storia più lunga mai tentata da Doctor Who dai tempi di "The Daleks' Master Plan" in dodici puntate del 1965. "The Impersonators" fu formalmente abbandonato il 30 dicembre, ma a quel punto a Hulke era già stato chiesto di collaborare con Dicks al nuovo finale di stagione. Intitolato "The War Games", fu commissionato il 23 dicembre; lo stesso giorno, a Dicks fu concesso il permesso di lavorare alla storia come contributo dello staff. Oltre a impostare il nuovo formato per la settima stagione, Sherwin suggerì che "The War Games" avrebbe dovuto far luce sulle origini del Dottore introducendo il suo stesso popolo, i Signori del Tempo.

Con l'inizio della produzione previsto in meno di tre mesi, Dicks e Hulke lavorarono a The War Games con estrema rapidità. Adottarono l'insolita decisione di scrivere i primi cinque episodi e poi l'episodio conclusivo; questo fornì loro un obiettivo da raggiungere nello sviluppo delle sceneggiature rimanenti. Gli autori temevano che una serie in dieci puntate potesse facilmente perdere slancio, e così il concetto delle diverse Zone fu sviluppato per evitare che The War Games diventasse moribondo. All'inizio del 1969, Wendy Padbury decise di lasciare Doctor Who insieme a Troughton e Hines alla conclusione di The War Games, il che significava che sarebbe stato necessario un cast regolare completamente nuovo per la settima stagione. Il suo contratto per la sua ultima serie fu firmato il 20 gennaio.

Nello sviluppo delle loro sceneggiature, Dicks e Hulke lavorarono a stretto contatto con il regista assegnato a The War Games. Si trattava di David Maloney, che aveva da poco completato il lavoro su The Krotons. Fu Maloney a suggerire che l'ipnosi aliena dovesse essere rappresentata visivamente dagli ufficiali che indossavano i loro occhiali; Dicks e Hulke li avevano inizialmente immaginati parlare con una "voce aliena". Fu anche Maloney a ideare la sequenza in cui il Dottore invia la sua supplica ai Signori del Tempo in una piccola scatola, e a suggerire ambientazioni belliche che sarebbero state interessanti per gli spettatori, basandosi sui consigli del suo giovane figlio.

Nonostante la fretta con cui Dicks e Hulke assemblarono le loro sceneggiature, solo poche piccole modifiche si rivelarono necessarie. Nell'episodio cinque, Zoe inizialmente identificò erroneamente il significato di TARDIS come "Nave Intergalattica Temporale e Dimensionale Relativa". Von Weich avrebbe dovuto essere colpito mentre cercava di fuggire alla fine dello stesso episodio, e Jennifer Buckingham era presente quando Jamie e gli altri furono attaccati. Quando uscì l'episodio sei, tuttavia, era già stato deciso che Jennifer non sarebbe apparsa nella seconda metà della storia. Nell'episodio sette, l'aiutante di Smythe era inizialmente un nuovo personaggio chiamato Sergente Wilkins; solo in seguito si decise di riportare in vita il Sergente Maggiore Burns dalla prima parte della storia.

La sceneggiatura dell'Ottavo Episodio implicava che la razza aliena che controllava le Zone fosse chiamata collettivamente Signori della Guerra – un'identificazione non fatta nel programma completo – e includeva anche una battuta in cui il Dottore affermava l'esistenza di molteplici civiltà che viaggiavano nel tempo. Nell'Episodio Nono, il Dottore definì i Signori del Tempo come i leader della sua razza. L'Episodio Decimo includeva un ruolo di rilievo per un invisibile giudice Signore del Tempo, la maggior parte del cui dialogo fu poi attribuito al Primo Signore del Tempo. Anche il mezzo con cui i viaggiatori del tempo tentarono di sfuggire alla loro condanna fu diverso: invece di ingannare verbalmente il Signore del Tempo affinché disattivasse il campo di forza, il Dottore e Jamie approfittarono di un indebolimento della barriera vicino al pavimento per spingere Zoe attraverso, permettendole di disattivarla.

Data la lunghezza di The War Games, furono necessarie due settimane di pre-riprese, il doppio della durata normale. Ciò significava che si dovettero prendere accordi per garantire che il cast regolare non fosse necessario in studio per l'episodio finale della serie precedente, The Space Pirates, poiché le date di registrazione si sarebbero sovrapposte. Le riprese in esterni per The War Games iniziarono nella discarica di Sheepcote Valley a Brighton, nell'East Sussex. Dal 23 al 26 marzo, questo luogo funse da terra di nessuno. Maloney poté sfruttare il fatto che la stessa location era stata recentemente utilizzata per la commedia sulla Prima Guerra Mondiale di Richard Attenborough, Oh! What A Lovely War, appena uscita nei cinema. Tra gli attori che si unirono a The War Games in quel momento c'era la moglie di Derrick Sherwin, Jane Sherwin, che interpretava Lady Jennifer Buckingham; era stata scelta su suggerimento di Maloney. L'ultimo giorno a Sheepcote Valley, fu registrata anche la scena dell'Episodio Decimo in cui Jamie torna nelle Highlands scozzesi.

Il 27 marzo, il materiale riguardante la biga romana è stato girato al Seven Sisters Country Park di Exceat, un villaggio abbandonato vicino a Seaford, nell'East Sussex. Il 28, un sentiero vicino a Underhill Lane a Clayton, nel West Sussex, è stato utilizzato per le scene dell'Episodio Quattro in cui Jamie e Jennifer vengono catturati dai soldati confederati. Dopo un giorno di pausa, il lavoro è ripreso il 30 marzo a Westdean, nell'East Sussex, dove sono state girate scene stradali su Eastbourne Waterboard Road e The Lane (nota anche come Westdean and Church Only Road). Altro materiale simile è stato completato il giorno successivo, a High Park Farm a Stanmer, nell'East Sussex, e poi di nuovo sul sentiero di Underhill Lane. Infine, il 1° aprile, Birling Manor Farm a East Dean, nel West Sussex, ha ospitato le riprese del cortile del castello, della prigione e della Crimean Zone. Il 3 aprile è stato dedicato alle riprese degli effetti speciali presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra. Questo lavoro includeva la sequenza del volto del Dottore sullo schermo dei Signori del Tempo, che si divideva, si avvolgeva a spirale e infine svaniva, il che avrebbe concluso l'era Troughton.

Le registrazioni in studio per The War Games iniziarono l'11 aprile presso lo Studio 4 del BBC Television Centre a White City, Londra. Le prime quattro parti seguirono il consueto schema di produzione di Doctor Who, registrando ogni venerdì consecutivi. Tra i personaggi menzionati – ma non visti – nel Primo Episodio c'era il Maggiore Ellis, che Hulke aveva chiamato così in onore del suo collaboratore in The Faceless Ones. Questo episodio sarebbe stato il primo per cui Sherwin ricevette il riconoscimento di produttore; dato che Dicks era coautore della serie, non sarebbe stato menzionato alcun sceneggiatore. A partire dal Quinto Episodio, il giorno delle registrazioni fu spostato di nuovo al giovedì, il che significava che le riprese andarono in onda l'8 maggio. Con il Sesto Episodio, The War Games fu distribuito tra diversi studi, a partire dal TC8. Il ruolo del soldato Moor in questo episodio sembra essere stato scritto espressamente per il figlio di Patrick Troughton, David, che era precedentemente apparso, non accreditato, in The Enemy Of The World.

Nel frattempo, Bryant e Sherwin stavano cercando un nuovo attore per interpretare il Dottore e ritenevano che un interprete con una solida esperienza comica sarebbe stato il più adatto. Inizialmente presero in considerazione Ron Moody, che suggerirono potesse interpretare il Dottore alla maniera del suo Fagin, dal musical del West End del 1960 Oliver! e dal suo adattamento cinematografico del 1968. Tuttavia, Moody non era interessato a impegnarsi in una serie per bambini; in seguito avrebbe confessato di essersi pentito di questa decisione. Venne preso in considerazione anche John Le Mesurier, che all'epoca recitava in Dad's Army. Nel frattempo, il responsabile della sezione drammatica della BBC, Shaun Sutton, contattò Stratford Johns, noto per aver interpretato Charlie Barlow in Z Cars e Softly Softly: Task Force. Johns rifiutò, temendo che la produzione di Doctor Who sarebbe stata troppo impegnativa.

Bryant fu poi contattato da Richard Stone, l'agente dell'attore caratterista Jon Pertwee, noto per programmi come la commedia radiofonica di lunga data The Navy Lark . Sebbene la prima moglie di Pertwee, Jean Marsh, fosse apparsa in Doctor Who in The Crusade del 1965, fu Tenniel Evans, il suo collega di The Navy Lark , a incoraggiare Pertwee a chiedere informazioni per interpretare il nuovo Dottore. Stone era più dubbioso sull'idea, ma fu sorpreso di apprendere che Pertwee si trovava subito dopo Moody nella rosa dei candidati di Bryant. Il 21 maggio, dopo un incontro con Sutton, Pertwee accettò un contratto per la settima stagione di Doctor Who , assicurandosi che sarebbe apparso in almeno ventuno episodi come il Terzo Dottore.

Il giorno dopo, l'episodio sette di The War Games fu registrato in TC1. Un altro legame familiare con Doctor Who era evidente durante questa registrazione, poiché Maloney aveva scelto Peter Craze per il ruolo di Du Pont. Il fratello maggiore di Craze, Michael, aveva interpretato il compagno del Dottore, Ben Jackson, nel 1966 e nel 1967; il giovane Craze era apparso anche in The Space Museum del 1965. Per il Signore della Guerra, Maloney scelse Philip Madoc, che aveva anche ingaggiato per interpretare Eelek in The Krotons. Per mascherare il fatto che fosse apparso solo di recente in Doctor Who , Madoc si fece crescere rapidamente la barba e indossò spessi occhiali a forma di ciottolo. The War Games continuò a rimbalzare tra gli studi per i suoi ultimi tre episodi: l'episodio nove fu registrato in TC6, mentre l'ottava e la decima parte furono registrate in TC8.

Per l'episodio dieci, registrato il 12 giugno, Clare Jenkins ha ripreso il ruolo di Tanya Lernov, da The Wheel In Space , apparendo nella scena in cui Zoe viene trasportata a casa dai Signori del Tempo. Diversi mostri hanno fatto anche delle apparizioni cameo, tra cui un Dalek, un Cyberman, un Guerriero di Ghiaccio, uno Yeti e un Quark; si prevedeva di vedere un Kroton, ma il costume era già caduto in rovina. Dentro il costume da Yeti c'era John Levene, che aveva recentemente interpretato il Caporale Benton in The Invasion ; era stato anche uno Yeti in The Web Of Fear del 1968. Insolitamente, l'episodio dieci ha utilizzato spezzoni di precedenti serie di Doctor Who. Durante la fuga fallita del Dottore dai Signori del Tempo, il TARDIS che si materializza sul mare era tratto dalla prima parte di Fury From The Deep del 1968 , mentre il TARDIS sospeso nello spazio era apparso originariamente nella puntata di apertura di The Web Of Fear. È stata utilizzata anche un'inquadratura d'apertura della Stazione Spaziale W3 dal primo episodio di "The Wheel In Space". Il completamento di "The War Games" ha segnato la fine sia della sesta stagione che del sesto blocco di produzione; per la prima volta, nessuna serie è stata registrata e rinviata per l'inizio della stagione successiva.

Nonostante la lunghezza di The War Games, ci furono poche interruzioni nella sua programmazione. L'unica eccezione si verificò il 10 maggio, quando il quarto episodio fu seguito non solo dal consueto aggiornamento sulle notizie e dall'episodio "Ecco Lucy", ma, nel frattempo, da un servizio sulla Trans-Atlantic Air Race del Daily Mail, che commemorava il cinquantesimo anniversario della prima traversata aerea transatlantica, da Terranova all'Irlanda, da parte di John Alcock e Arthur Brown. Il 17 giugno, la BBC annunciò alla stampa che Jon Pertwee avrebbe interpretato il Terzo Dottore, sebbene l'inizio della stagione successiva sarebbe stato posticipato dalla fine dell'estate al gennaio 1970. Quattro giorni dopo, andò in onda il decimo episodio di The War Games , che segnò la fine dell'era di Patrick Troughton in Doctor Who.

“Ho combattuto tutti questi mali, mentre voi non avete fatto altro che stare a guardare! È vero, sono colpevole di aver interferito. Proprio come voi siete colpevoli di non aver usato i vostri grandi poteri per aiutare chi ne aveva bisogno!”

Il Dottore (rivolto ai Signori del Tempo)