A questo punto, sebbene Peter Bryant fosse ancora il produttore di Doctor Who, si stava preparando a passare allo Special Project Air e soffriva anche di un periodo di cattiva salute. Pertanto, Derrick Sherwin, che in precedenza era stato lo story editor del programma, si stava assumendo sempre più responsabilità da Bryant, con l'aspettativa di sostituirlo definitivamente. Fu anche più o meno in questo periodo che Dicks assunse un assistente, Trevor Ray. Tuttavia, con l'inizio dei lavori su The Space Pirates , Dicks fu assorbito dalle serie che sarebbero state realizzate in seguito: stava riscrivendo gli ultimi due terzi di The Seeds Of Death e collaborando con Malcolm Hulke all'imponente serie in dieci puntate The War Games, che sarebbe stata sia il finale di stagione che l'ultima storia del mandato di Patrick Troughton nei panni del Dottore. Con Ray impreparato a subentrare come sceneggiatore, si concordò che Sherwin sarebbe tornato al suo precedente incarico per The Space Pirates.

Il 20 novembre, Frazer Hines fu scritturato per The Space Pirates e The War Games. Nonostante le preoccupazioni che il Dottore, Jamie e Zoe non fossero sufficientemente presenti nella trama di Holmes, le sceneggiature per The Space Pirates furono commissionate il 3 dicembre. All'inizio del nuovo anno, il regista Michael Hart si unì alla produzione; questa sarebbe stata la sua unica serie di Doctor Who. Tra la sua troupe c'era un assistente direttore di sala di nome John Turner; più comunemente accreditato come John Nathan-Turner, sarebbe diventato il produttore di Doctor Who un decennio dopo.

Un problema che Hart dovette affrontare fu la decisione di programmare una settimana extra di pre-riprese per The War Games, alla luce della sua straordinaria lunghezza. Per Hart, questo significava che il cast regolare non sarebbe stato disponibile quando l'episodio conclusivo di The Space Pirates sarebbe stato registrato in studio, poiché le due date di registrazione avrebbero coinciso. Fu concordato che tutto il materiale che coinvolgeva il Dottore e i suoi compagni nell'Episodio Sei sarebbe stato invece pre-filmato. Patrick Troughton, Frazer Hines e Wendy Padbury ottennero tutti contratti aggiuntivi per questo lavoro il 23 gennaio 1969. Per semplificare l'Episodio Sei alla luce di queste circostanze insolite, il ruolo di Madeleine Issigri fu ampliato in modo da farla apparire sui monitor per parlare con i pirati e, in seguito, con Hermack, al posto del Dottore.

Le riprese di The Space Pirates sono iniziate il 7 febbraio presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra. Il primo giorno è stato dedicato principalmente alle scene sul faro, utilizzando i fili di Kirby per dare l'impressione di assenza di gravità; sembra che parte di questo materiale sia stato rimontato il 10. La maggior parte del periodo dal 10 al 14 febbraio è stata dedicata alle riprese delle sequenze dell'Episodio 6 con il cast fisso. Sfortunatamente, una parte del film girato il 14 è stata danneggiata durante lo sviluppo, a quanto pare influenzando parte del materiale ambientato nel deposito di combustibile atomico. Un rimontaggio si è svolto a Ealing il 19 febbraio, richiedendo solo la presenza di Troughton. Le riprese del modello della serie, nel frattempo, sono state completate dal Bowie Group a Slough, nel Berkshire. Con Hart troppo impegnato a lavorare sul resto di The Space Pirates, il progettista degli effetti speciali John Wood ha supervisionato questo elemento della registrazione.

Come di consueto, ogni puntata di The Space Pirates è stata registrata in venerdì consecutivi. Il primo episodio è andato in onda il 21 febbraio, presso la sede abituale di Doctor Who, il Lime Grove Studio D a Shepherd's Bush, Londra. La settimana successiva, il 24 febbraio, la BBC ha annunciato che Wendy Padbury avrebbe lasciato Doctor Who alla fine della stagione. Bryant e Sherwin avevano sperato di convincerla a rimanere per un altro anno, ma l'attrice aveva ormai deciso di andarsene insieme a Troughton e Hines.

Il primo episodio sarebbe stato l'ultimo in cui Lime Grove avrebbe ospitato Doctor Who, segnando la fine di un sodalizio che risaliva alla primissima serie, La ragazza extraterrestre. La nuova sede di produzione del programma sarebbe stata il più moderno BBC Television Centre di White City, Londra, dove era stato occasionalmente realizzato in passato. La maggior parte degli episodi rimanenti sarebbe stata registrata nello Studio 4, sebbene il quinto episodio, registrato il 21 marzo, fosse ospitato nel TC6. A causa degli accordi pre-riprese che prevedevano The War Games, solo il cast ospite era presente per la registrazione del sesto episodio il 28 marzo.

La penultima storia dell'era Troughton fu anche l'ultima a vedere nei crediti il produttore Peter Bryant, sebbene avrebbe continuato a condividere il lavoro con Sherwin fino a ottobre. Mentre per un certo periodo si pensava che sarebbe tornato con Sherwin su Doctor Who dopo il suo lavoro su Special Project Air, fu presto riassegnato alla serie poliziesca Paul Temple , una coproduzione tedesca di alto profilo che versava in profonda crisi. La trasmissione del sesto episodio di The Space Pirates il 12 aprile vide anche una piccola modifica al palinsesto del sabato sera della BBC. Negli ultimi tre mesi, Doctor Who era stato seguito da un aggiornamento di notizie, un cortometraggio animato di Tom e Jerry e poi dalla sitcom Here's Lucy, ma il programma animato era stato ora abbandonato.

Milo Clancey (a Zoe)