The Smugglers fu commissionato il 4 aprile, mentre "The Nazis" sarebbe stato abbandonato il 15 giugno. Hayles lavorò rapidamente per produrre le sue sceneggiature; tra le poche modifiche apportate durante lo sviluppo della serie ci fu il cambio del nome del pirata Crow in Jamaica. The Smugglers sarebbe stata l'ultima storia realizzata come parte del terzo blocco di produzione di Doctor Who, ma sarebbe stata rimandata per l'inizio della quarta stagione del programma. Si riconobbe che l'ambientazione era importante per conferire un'aria di autenticità all'avventura romantica di Hayles, e così a The Smugglers fu assegnata la prima grande ripresa in esterni di Doctor Who. Fino ad allora, le poche storie che avevano visto riprese fuori dagli studi erano state confinate a Londra e dintorni; The Smugglers, al contrario, avrebbe goduto di cinque giorni in Cornovaglia.

La regista Julia Smith conosceva molto bene la costa della Cornovaglia, e fu anche per questo motivo che fu scelta per The Smugglers. Smith fu informata della necessità di prestare attenzione alla gestione di William Hartnell. La salute della star stava peggiorando con la fine del blocco di produzione, e aveva recentemente sopportato diversi mesi di cattivi rapporti con la precedente squadra di produzione composta da John Wiles e Donald Tosh. Aveva anche sofferto la perdita di un familiare stretto e sentiva che Doctor Who stava perdendo il suo fascino, diventando sempre meno un programma per bambini. A peggiorare le cose, Hartnell aveva difficoltà a integrarsi con i suoi nuovi co-protagonisti, Michael Craze e Anneke Wills. Craze e Wills avrebbero dovuto unirsi a Doctor Who in The War Machines, la serie immediatamente precedente a The Smugglers.

A causa del numero e della complessità delle sequenze di combattimento in The Smugglers, Smith chiese l'assistenza dello stuntman Derek Ware, che scelse anche per il ruolo dello spagnolo. Ware aveva lavorato occasionalmente in Doctor Who fin dal An Unearthly Child e, nel 1965, aveva fondato la sua agenzia di stunt, chiamata HAVOC. Ware e il suo team HAVOC si sarebbero rivelati parte integrante della produzione di Smith, segnando l'inizio di un rapporto tra la compagnia e Doctor Who che sarebbe continuato fino agli anni Settanta.

Il 18 giugno, il cast e la troupe si sono recati a Penzance, la base operativa per le riprese in esterni, concentrate attorno a Nanjizal, nota anche come Mill Bay. Nei cinque giorni successivi, la troupe di Smith sarebbe stata assistita da numerose comparse locali, in particolare membri dei Sea Cadets. Hartnell, Craze e Wills sono stati richiesti solo per il primo giorno di riprese, il 19 giugno; queste si sono svolte a Nanjizal Beach, a sud di Land's End, inclusa la grotta dove è atterrato il TARDIS. Le riprese sono continuate lì il 20, giorno in cui sono state completate anche le scene a cavallo, nelle vicine Bosistow Cliffs. Le riprese del 21 giugno sono iniziate presso la chiesa di St. Grada a Grade, che ha simulato la chiesa di Longfoot. Più tardi quel giorno, il porto da cui sono state varate le barche a remi era a Church Cove, e la casa dello Squire era in realtà Trenethick Barton, una dimora signorile del XV secolo vicino a Helston. Sono state scattate anche foto dei pirati che si scambiavano segnali a Grade e a Helston.

Il 22 giugno, un fienile della Trethewey Farm a Trethewey è stato utilizzato per le sequenze nel cortile della locanda. Infine, tutte le scene registrate il 23 giugno si sono svolte a bordo della Bonny Mary, la nave che ha fatto da controfigura al Black Albatross del Capitano Pike, salpata dal porto di Newlyn e ancorata al largo di Nanjizal. Diversi membri del cast e della troupe hanno sofferto di mal di mare quel giorno, tra cui Smith, ma la troupe è riuscita a superare il momento e a completare tutto il materiale necessario.

Nel frattempo, il produttore di Doctor Who, Innes Lloyd, aveva finalmente ottenuto il permesso di sostituire William Hartnell con un nuovo attore protagonista. Shaun Sutton era ora succeduto a Gerald Savory come responsabile delle serie, ed era più ricettivo alla proposta di Lloyd rispetto al suo predecessore. Sutton voleva che Doctor Who continuasse, ma ammise che non avrebbe potuto avere un lungo futuro con Hartnell nei panni del Dottore. Si riconobbe anche che gli ascolti del programma erano calati in modo allarmante dall'inizio della terza stagione, e si pensò che una nuova star avrebbe potuto contribuire a invertire la tendenza.

Individuare un nuovo protagonista per Doctor Who divenne quindi una priorità assoluta. Michael Hordern, che annoverava tra i suoi numerosi crediti i film Cleopatra e La spia che venne dal freddo, fu preso in considerazione per il ruolo, così come Patrick Wymark, che era apparso in programmi come Danger Man e The Power Game. (Ironicamente, sia Hordern che Wymark avevano recitato in Dr. Syn, alias The Scarecrow, un adattamento Disney del 1963 dei romanzi di Thorndike con Patrick McGoohan nel ruolo principale.) Un'altra possibilità era Ron Moody, star di film come Murder Most Foul, che era apparso di recente in un episodio di The Avengers. Fu preso in considerazione anche l'ex idolo pop Tommy Steele, la cui carriera era ora concentrata su musical teatrali e cinematografici. A fine giugno, tuttavia, Lloyd contattò l'attore Patrick Troughton; inizialmente reticente, avrebbe continuato a valutare l'offerta per tutto luglio.

Le registrazioni in studio per The Smugglers si sono svolte presso la sede di produzione abituale di Doctor Who, il Riverside Studio 1 di Hammersmith, Londra, per diversi venerdì consecutivi a partire dall'8 luglio. Quel giorno, Terence De Marney, che interpretava Longfoot, recitò erroneamente l'enigma che avrebbe costituito un elemento chiave della narrazione. Invece dei nomi "Ringwood, Smallbeer e Gurney", De Marney elencò "Smallwood, Ringwood e Gurney", creando un errore di continuità quando Hartnell fece riferimento alla versione sceneggiata più avanti nella serie. Il terzo blocco di produzione di Doctor Who si concluse con la registrazione del quarto episodio il 29 luglio. Quella mattina, Craze cadde attraverso una botola che non era stata chiusa correttamente, ma fortunatamente riportò solo una lieve ferita alla spalla destra.

Durante la produzione di The Smugglers, Hartnell e Lloyd si incontrarono per discutere del futuro dell'attore in Doctor Who. Hartnell accettò con riluttanza di lasciare il programma dopo un'altra stagione, da registrare all'inizio del nuovo blocco di produzione all'inizio dell'autunno. Hartnell sperava da tempo di completare cinque stagioni di Doctor Who, ma ora si rendeva conto che si trattava di un'impresa improbabile. Fu rassicurato dalla consapevolezza che Troughton, che rispettava come attore, era un possibile candidato a sostituirlo, e anche dalla garanzia di Lloyd che il suo successore avrebbe adottato un'interpretazione totalmente nuova del Dottore, piuttosto che limitarsi a scimmiottare la performance di Hartnell. Il 16 luglio, Hartnell informò la moglie Heather della sua decisione di lasciare Doctor Who. La coppia decise quindi di trascorrere una vacanza in Cornovaglia, durante la quale la notizia dell'imminente partenza di Hartnell fu annunciata alla stampa il 6 agosto.

Per le sette settimane di pausa, Doctor Who fu generalmente sostituito nei palinsesti della BBC da cortometraggi di Stanlio e Ollio, come era accaduto anche nel 1965. La sua tumultuosa quarta stagione iniziò finalmente il 10 settembre, con la trasmissione della prima parte di The Smugglers. Doctor Who tornò alla consueta fascia oraria delle 17:50, che aveva occupato a intermittenza durante le prime tre stagioni. Fu preceduto da Juke Box Jury e da un aggiornamento sulle notizie, e inizialmente seguito dalla serie poliziesca per bambini Quick Before They Catch Us. Con l'episodio finale di The Smugglers del 1° ottobre, tuttavia, Doctor Who stava di nuovo anticipando Dixon Of Dock Green, che stava entrando nella sua tredicesima stagione.

Il Dottore