Circa una settimana dopo, Spooner informò Whitaker che la sua epoca storica preferita era la Rivoluzione Francese, proposta originariamente al curatore della storia da William Russell. Si trattava di un periodo, durante la Rivoluzione Francese dal 1789 al 1799, in cui lo Stato era di fatto controllato dal Comitato di Salute Pubblica, guidato da Maximilien Robespierre. Migliaia di persone furono giustiziate durante il Terrore: non solo coloro che sostenevano l'aristocrazia francese, ma anche molti che erano a favore di una Francia repubblicana, ma che sostenevano che i poteri del Comitato fossero troppo estesi o troppo limitati. Il Regno del Terrore culminò alla fine di luglio del 1794, quando le divisioni nel governo francese portarono all'arresto e all'esecuzione di Robespierre e di molti dei suoi più stretti alleati. Questi eventi cruciali sarebbero stati al centro della narrazione.

La serie di Spooner fu commissionata il 2 aprile, con il titolo The Reign Of Terror. Gli fu chiesto di scrivere le sceneggiature in modo da garantire che William Russell potesse apparire solo in materiale pre-girato per il secondo e il terzo episodio. Russell sarebbe così potuto diventare l'ultimo membro fisso del cast a godersi due settimane di vacanza. Il materiale che coinvolgeva la misteriosa spia inglese James Stirling era ispirato al romanzo del 1905 della baronessa Orczy, The Scarlet Pimpernel (tratto da un'opera teatrale del 1903), ambientato durante il Regno del Terrore. Un piccolo cambio di nome vide Leon Corneille diventare Leon Colbert.

Per un certo periodo, si pensava che The Reign Of Terror sarebbe stata la prima puntata della seconda stagione di Doctor Who, con una pausa di sei settimane dopo la messa in onda di The Sensorites. A fine maggio, tuttavia, il responsabile dei programmi di BBC One, Donald Baverstock, ha deciso che l'interruzione delle trasmissioni sarebbe avvenuta più tardi del previsto. Di conseguenza, The Reign Of Terror è diventata l'ultima storia della prima stagione di Doctor Who, con Planet Of Giants che ora iniziava il suo secondo anno.

"The Reign Of Terror" fu scritto in un periodo in cui il futuro di Doctor Who era profondamente incerto. Ciò era dovuto principalmente all'inadeguatezza dello spazio in cui si trovava abitualmente lo studio, il Lime Grove Studio D a Shepherd's Bush, Londra. Un'alternativa suggerita era il Lime Grove Studio G, con gli Studi 3 e 4 del BBC Television Centre di White City, Londra, resi disponibili quando possibile, ma si trattava di una struttura molto lunga e stretta, inadatta ai grandi set spesso utilizzati nella serie. Infine, a giugno, si concordò che Doctor Who sarebbe stato trasferito al Riverside Studio 1 a Hammersmith, Londra, verso la fine del blocco di registrazione. Nel frattempo, sembra che "The Reign Of Terror" sia stato scritto tenendo conto delle dimensioni insolite dello Studio G. I primi quattro episodi sarebbero stati registrati lì, mentre le parti cinque e sei sarebbero state trasferite a TC4.

Quando "The New Armada" era ancora in fase di progettazione, il regista designato era Gerald Blake (che avrebbe poi realizzato "The Abominable Snowmen" e "The Invasion Of Time "). Alla fine, l'incarico per "The Reign Of Terror" fu affidato all'emigrato ungherese Henric Hirsch. Hirsch aveva da poco completato il corso di formazione per registi della BBC, ma il suo lavoro su un episodio di " First Night" era stato notato dalla produttrice di Doctor Who, Verity Lambert.

La produzione di The Reign Of Terror iniziò il 15 giugno, quando Doctor Who uscì per la prima volta con una piccola quantità di riprese in esterni. Le riprese si svolsero nei terreni di White Plains, una casa di cura a Denham, nel Buckinghamshire, e nella fattoria dell'Isola di Wight, nella vicina Gerrards Cross. Si limitarono a tre inquadrature del Dottore che camminava verso Parigi nella seconda parte, " Ospiti di Madame Guillotine". In questo caso, Brian Proudfoot fece da controfigura a William Hartnell per evitare di dover interrompere le prove di " The Sensorites". Proudfoot aveva assistito alla registrazione del terzo episodio della serie il 12 giugno per studiare i manierismi e la camminata di Hartnell.

Dal 16 al 18 giugno, le riprese si sono svolte presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra. Tra le sequenze registrate c'erano inquadrature di modellini della fattoria, così come il materiale di William Russell per gli episodi due e tre. Jeffry Wickham, che interpretava Webster, ha registrato tutte le sue scene fino alla morte di Webster, avvenuta la prima mattina. Presumendo che Hirsch non avesse più bisogno di lui, se ne è andato per incontrare un amico per pranzo e un drink, solo per scoprire che avrebbe dovuto interpretare il cadavere di Webster nel pomeriggio. Sotto l'effetto dell'alcol, Wickham si è addormentato durante le riprese e si è svegliato dopo diverse ore... trovando lo studio deserto.

Le registrazioni in studio iniziarono quindi con la prima parte, "A Land Of Fear ", il 10 luglio. Come era tipico per tutta la stagione, ogni episodio di "The Reign Of Terror" veniva registrato ogni venerdì successivo. Sfortunatamente, era già chiaro a molti membri del cast che Hirsch stava incontrando delle difficoltà. Il ritmo di produzione di Doctor Who era più estenuante rispetto ai pochi programmi che aveva diretto fino a quel momento, e Hirsch, il cui background era teatrale, non era particolarmente interessato al materiale. Aveva anche difficoltà a instaurare un buon rapporto di lavoro con gli attori, e in particolare con William Hartnell, che era spesso intollerante verso gli stranieri e poteva mostrarsi impaziente con i registi inesperti.

Le difficoltà di Hirsch aumentarono il 24 luglio, quando venne registrata la terza parte, "A Change Of Identity ". Le scene con un cavallo e un carro erano particolarmente impegnative da provare, e Hirsch iniziò a lamentarsi di non statre bene. Durante una pausa dalle prove quel pomeriggio, la segretaria di produzione Ann Earl e l'assistente di produzione Timothy Combe (in seguito regista di Doctor Who per " The Silurians" e "The Mind Of Evil" ) scoprirono che Hirsch era collassato appena fuori dalla galleria di produzione.

Con Hirsch evidentemente impossibilitato a proseguire, Lambert fu convocata; lei e Combe supervisionarono il resto delle prove della giornata. Sembra che John Gorrie, che aveva precedentemente lavorato a The Keys Of Marinus, sia stato convocato d'urgenza per gestire la registrazione di quella sera, sebbene Gorrie stesso non ricordi nulla di questi eventi. Fortunatamente, Hirsch stava abbastanza bene da riprendere i suoi compiti per i restanti tre episodi di The Reign Of Terror. Per alleviare un po' la pressione, si concordò che Combe avrebbe assunto parte delle responsabilità di regista. Combe riuscì anche a convincere Hartnell ad ammorbidire il suo atteggiamento nei confronti di Hirsch.

Nel frattempo, fu durante la produzione di The Reign Of Terror che vennero prese decisioni importanti sul futuro a lungo termine di Doctor Who. Solo altri due serial – Planet Of Giants e The Dalek Invasion Of Earth – dovevano ancora essere registrati come parte del primo blocco di produzione; questi sarebbero stati rimandati per l'inizio della seconda stagione del programma a ottobre. Lambert e Whitaker avevano già preso in considerazione importanti cambiamenti al cast principale, tra cui l'esclusione di Barbara (anche se questa idea fu poi abbandonata) e la sostituzione di Susan con un'altra adolescente. Tuttavia, manovre come queste sarebbero state inutili se non ci fosse stata la garanzia che Doctor Who sarebbe continuato per un periodo di tempo significativo.

Dalla fine di maggio, Donald Baverstock non era più disposto a impegnarsi in più di una singola puntata aggiuntiva, per mantenere Doctor Who in onda fino alla fine di gennaio del 1965. Entro la fine di luglio, l'unica decisione significativa che aveva preso era stata quella di aumentare la pausa nelle trasmissioni dopo The Reign Of Terror a sette settimane. Ciò significava che, se Doctor Who fosse terminato a gennaio, si sarebbe dovuto commissionare frettolosamente una puntata in quattro parti per completare la programmazione, dato che nessuna puntata era attualmente in fase di sviluppo. Inoltre, Lambert temeva che sarebbe stato difficile convincere il suo cast fisso ad accettare un'estensione contrattuale così breve. Anzi, temeva che, anche se alla fine si fosse deciso di prolungare Doctor Who, sarebbe arrivato troppo tardi: Hartnell aveva già ricevuto un'altra offerta di lavoro e l'agente di Russell stava attivamente cercando altre opportunità per il suo cliente.

Infine, il 14 agosto, lo stesso giorno in cui si concludevano le riprese di The Reign Of Terror, Baverstock informò Lambert che avrebbe rinnovato Doctor Who per altre tredici settimane, con la possibilità di altri tredici episodi. Un mese dopo, la messa in onda di Prisoners Of Conciergerie, il 12 settembre, segnò la conclusione della prima stagione di Doctor Who. Era un anno che aveva già segnato una svolta per la televisione britannica. Ma nessuno all'epoca poteva sospettare che fosse solo l'inizio...