Spooner diede invece carta bianca a Lucarotti per scegliere un periodo storico alternativo. Lo scrittore iniziò a comporre una trama sulla prima traversata vittoriosa dell'Oceano Atlantico da parte dei Vichinghi verso l'isola di Terranova, avvenuta intorno all'anno 1000 d.C. Mentre Lucarotti sviluppava le sue idee tra aprile e maggio, Donald Tosh sostituì Spooner come story editor. Tosh contattò Lucarotti per discutere idee per Doctor Who, ignaro del fatto che avesse già un lavoro in corso. Dopo un incontro a fine maggio, Tosh indicò a Lucarotti di procedere con la trama sui Vichinghi. L'8 giugno, Lucarotti incontrò sia Tosh che il nuovo produttore di Doctor Who, John Wiles. Lo scrittore accettò di apportare alcune modifiche per riflettere l'atmosfera più misteriosa che il nuovo team di produzione aveva previsto per la serie, ma per il resto era fiducioso che sarebbe seguita una commissione. Pertanto, il 24 giugno, Lucarotti rimase sbalordito nell'apprendere che la sua trama era stata ritenuta inadatta.

Frustrato dal fatto che due proposte fossero state respinte dopo quella che aveva considerato la garanzia di Spooner di una serie a pagamento, Lucarotti coinvolse i suoi agenti. Per risolvere la questione, Tosh accettò di lavorare con Lucarotti per sviluppare una nuova trama che soddisfacesse le esigenze del team di produzione. Wiles voleva che Doctor Who esplorasse il conflitto religioso, che a suo avviso avrebbe creato un drammatico contrasto con le trame più bizzarre esplorate durante le prime due stagioni del programma. A quanto pare fu Tosh a suggerire specificamente il massacro degli Ugonotti del 1572 come potenziale ambientazione.

Nella seconda metà del XVI secolo, la Francia fu sconvolta da disordini religiosi, in particolare tra la maggioranza cattolica e gli ugonotti, seguaci del protestantesimo calvinista. Le tensioni furono esacerbate dalla percepita influenza che gli ugonotti avevano sul re di Francia, Carlo IX; un esempio lampante fu la sua stretta amicizia con l'ammiraglio Gaspard de Coligny, leader politico dei protestanti. Il 18 agosto 1572, la regina madre, Caterina de' Medici, cercò di mediare la pace dando in sposa la figlia cattolica, Margherita di Valois, al re Enrico di Navarra, un illustre ugonotto. Tuttavia, la manovra incontrò una forte opposizione da parte della comunità cattolica. In seguito al fallito tentativo di assassinio di Coligny il 22 agosto – che potrebbe essere stato o meno organizzato da Caterina – i timori di ritorsioni ugonotte aumentarono. Alla vigilia di San Bartolomeo (23 agosto), Caterina convinse Carlo ad agire rapidamente per assassinare la leadership ugonotta, tra cui de Coligny. Fu fomentata un'ondata di violenza popolare antiprotestante, che presto si diffuse da Parigi al resto della Francia. È probabile che nelle settimane successive siano stati uccisi dai cinquemila ai diecimila ugonotti. Il più ampio conflitto religioso sarebbe durato fino al 1598, quando Enrico di Navarra salì al trono di Francia come Enrico IV. Ciò fu facilitato dalla sua conversione al cattolicesimo, ma egli si adoperò rapidamente per salvaguardare gli ugonotti emanando l'Editto di Nantes, che garantiva i loro diritti e le loro libertà.

Lucarotti ricevette l'incarico per "The War Of God" il 9 luglio. Scrisse in modo efficiente, consegnando le sceneggiature in meno di due settimane. Lucarotti sfruttò l'interesse espresso sia da Wiles che da William Hartnell per far interpretare alla star un ruolo diverso da quello del Dottore. A un certo punto, Hartnell aveva addirittura suggerito di interpretare la malvagia progenie del Dottore, viaggiatrice nel tempo, in una storia intitolata "The Son Of Doctor Who"! Questo portò all'invenzione dell'Abate di Amboise, che prendeva il nome da una città della Francia centrale che fu teatro di una fallita cospirazione ugonotta del 1560 contro la potente casata cattolica dei Guisa.

Con l'avanzare dell'estate, Wiles e Tosh si resero conto di avere un problema con la compagna del Dottore. Avendo deciso di eliminare Vicki e sostituirla con l'ancella troiana Katarina in The Myth Makers, si resero conto che le antiche origini del nuovo personaggio avrebbero creato difficoltà agli sceneggiatori. Fu quindi deciso che Katarina dovesse essere uccisa nella serie che avrebbe preceduto "The War Of God", il piano generale dei Dalek. Di conseguenza, sembra che a Lucarotti sia stato chiesto di rivedere le sue sceneggiature per includere una nuova compagna: una giovane ancella ugonotta di nome Anne Chaplet. Anne sarebbe sfuggita al massacro e si sarebbe unita al Dottore e a Steven nel TARDIS.

In autunno, Wiles e Tosh erano ancora insoddisfatti di "La Guerra di Dio". Desiderosi di non turbare ulteriormente Lucarotti, decisero di pagarlo per i suoi sforzi, con l'intenzione che Tosh si occupasse di tutte le ulteriori riscritture. Dopo aver appreso dell'entità delle modifiche apportate da Tosh, Lucarotti chiese che il suo nome venisse rimosso dai titoli di coda, richiesta che alla fine fu ritirata. Tosh colse l'occasione per affrontare quelle che riteneva inaccettabili deviazioni dalla documentazione storica. Riorganizzò anche il ritmo degli eventi in modo che Hartnell dovesse apparire sia come il Dottore che come l'Abate solo nel primo episodio, semplificando così la logistica della produzione. L'unica scena di Hartnell nel secondo episodio – che, come nel terzo, lo vedeva interpretare esclusivamente l'Abate – sarebbe stata pre-girata, consentendogli di prendersi una settimana di vacanza.

Ancora più significativo, Wiles e Tosh si resero conto che adottare Anne come compagna avrebbe presentato molte delle stesse difficoltà che avevano incontrato con Katarina. Tosh riscrisse quindi il finale della serie per far sì che Anne rimanesse nella Francia del XVI secolo, con l'implicazione che potesse essere sopravvissuta al massacro seguendo il consiglio del Dottore. Fu aggiunta una coda, ambientata nell'Inghilterra moderna, che introduceva un nuovo personaggio ideato da Wiles e Tosh. Si trattava di Dorothea "Dodo" Chaplet, per deduzione una discendente di Anne, che sarebbe diventata la compagna del Dottore.

Verso la fine del 1965, la storia aveva acquisito un nuovo titolo, The Massacre Of St Bartholomew's Eve, dopo che il più breve "The Massacre Of St Bartholomew" era stato applicato in modo incoerente a partire da agosto circa. Per la prima volta, una serie di Doctor Who sarebbe stata diretta da una donna: Paddy Russell. Questo era quasi accaduto molto prima; Russell era stata assegnata a Inside The Spaceship all'inizio del 1964, ma si era rivelata indisponibile per le date richieste.

All'inizio di dicembre, Jackie Lane fu scelta per il ruolo di Dodo. Nell'estate del 1963, Lane era stata presa in considerazione per interpretare la nipote del Dottore, Susan, ma all'epoca non era interessata a impegnarsi in un incarico a lungo termine. Wiles conosceva il suo lavoro nella sua opera teatrale Never Had It So Good, che era stata messa in scena al Library Theatre nella sua città natale, Manchester, nel 1961. Il 29 dicembre, Lane fu scritturata per interpretare Dodo per tredici episodi, dalla parte finale di The Massacre Of St Bartholomew's Eve fino a The Gunfighters, con un'opzione per altri dodici. Wiles sperava che Dodo potesse essere resa distintiva acconciando i lunghi capelli di Lane in modo diverso in ogni storia. Tuttavia, questo piano fallì quando Lane optò per un taglio di capelli molto corto subito dopo aver superato l'audizione.

All'alba del 1966, la produzione di "The Massacre Of St Bartholomew's Eve" iniziò con le riprese presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra. Le riprese si svolsero dal 3 al 6 gennaio, concentrandosi sul materiale ambientato nelle strade di Parigi. L'ultimo giorno, Hartnell (nei panni dell'abate di Amboise) recitò l'unica scena richiesta per " The Sea Beggar". Il 7 gennaio, una piccola parte delle riprese in esterni per la scena introduttiva di Dodo fu effettuata a Windmill Road, vicino a Wimbledon Common a Wimbledon, Londra. Si sperava che William Russell e Jacqueline Hill facessero un cameo nei panni degli ex compagni Ian e Barbara in quel giorno; sentendo il TARDIS smaterializzarsi, avrebbero mancato di poco la sua scomparsa. Alla fine, i due furono sostituiti da una donna (interpretata da Marguerite Young) che portava a spasso il cane. Le riprese in esterni hanno segnato il debutto di Jackie Lane in Doctor Who e lo stesso giorno è stato organizzato un photocall per presentarla.

Nel frattempo, sia Wiles che Tosh si erano dimessi da Doctor Who dopo aver incontrato numerose difficoltà durante la realizzazione di The Daleks' Master Plan. Tosh fu il primo ad abbandonare il programma, cedendo il testimone a Gerry Davis a metà gennaio 1966. Il primo credito di Davis sarebbe arrivato nel quarto episodio di The Massacre Of St Bartholomew's Eve; di conseguenza, Tosh poté essere accreditato come co-autore di questa puntata, cosa solitamente proibita a uno story editor della BBC.

Le registrazioni in studio per The Massacre Of St Bartholomew's Eve sono iniziate il 21 gennaio e sono proseguite per diversi venerdì consecutivi; Doctor Who è tornato alla sua consueta sede di produzione, il Riverside Studio 1 a Hammersmith, Londra, dopo essersi trasferito al BBC Television Centre per tutti i dodici episodi di The Daleks' Master Plan. Hartnell era assente dalle registrazioni di The Sea Beggar il 28 gennaio mentre si godeva la sua settimana di vacanza. Jackie Lane ha fatto la sua prima apparizione nello studio di Doctor Who durante gli ultimi minuti di Bell Of Doom l'11 febbraio. La trasmissione di The Massacre Of St Bartholomew's Eve ha visto Doctor Who tornare alla sua fascia oraria originale delle 17:15, scambiandosi di posto con Juke Box Jury. Ciò significava che ora era di nuovo preceduto da Grandstand e seguito da un aggiornamento sulle notizie e dallo showcase musicale.