Il 31 maggio 1968, a Holmes fu commissionata la stesura di una nuova sceneggiatura con il titolo "The Space-Trap" (anche se il trattino sarebbe stato inserito in modo incoerente durante lo sviluppo). Quando le sceneggiature furono richieste il 25 giugno, si pensava che "The Space-Trap" sarebbe stato programmato per la fine della sesta stagione. Nonostante la mancanza di pressione per consegnare le sceneggiature, Holmes non perse tempo a completare "The Space-Trap". Apportarono solo piccole modifiche: Eelek si chiamava originariamente Avrik, mentre il Dynotron divenne il Dynotrope. "The Space Trap" fu sostanzialmente completato a metà agosto, nonostante non si prevedesse che entrasse in produzione prima del nuovo anno.

Nel frattempo, iniziarono a sorgere problemi con altre storie. Lo spazio successivo a "The Invasion" doveva originariamente essere occupato da "The Dreamspinner". Tuttavia, l'idea fu abbandonata il 9 aprile, apparentemente dopo che la sceneggiatura del primo episodio si rivelò insoddisfacente. Lo spazio fu quindi assegnato a una storia sconosciuta, prima di essere sostituito dalla commedia di Dick Sharples " The Prison In Space" alla fine di aprile. A giugno, a Sharples fu comunicato che la sua storia avrebbe visto l'abbandono di Jamie, interpretato da Frazer Hines, poiché Hines riteneva che due anni di Doctor Who fossero sufficienti. A Sharples fu chiesto di modificare la sua trama per eliminare Jamie e introdurre un nuovo compagno di nome Nik, concepito da Bryant e Sherwin.

A settembre, tuttavia, Hines cambiò idea sull'abbandono di Doctor Who e decise che se ne sarebbe andato insieme a Patrick Troughton in primavera. I piani per l'introduzione di Nik furono quindi abbandonati e a Sharples fu chiesto di riscrivere "The Prison In Space" di conseguenza. Sfortunatamente, queste sceneggiature riscritte incontrarono la disapprovazione del team di produzione. Anche David Maloney, a cui era stato assegnato il ruolo di regista, era insoddisfatto; Maloney aveva recentemente lavorato a The Mind Robber alla fine dell'ultimo blocco di registrazioni. Sharples si rifiutò di lavorare ulteriormente su una storia che riteneva di aver completato secondo le specifiche originali.

Seguirono discussioni tra Sharples e la BBC per risolvere la controversia, ma divenne presto evidente che "The Prison In Space" non sarebbe stato pronto per l'inizio della produzione a inizio novembre. A Maloney fu data una copia delle sceneggiature complete di "The Space-Trap" e, sebbene non ritenesse particolarmente valida la storia di Holmes, la definì idonea per essere trasmessa in TV. Bryant fu d'accordo e, il 7 ottobre, "The Space-Trap" prese il posto di " The Prison In Space" nel palinsesto di Doctor Who. Il serial di Holmes fu rinominato The Krotons il 30 ottobre; "The Prison In Space" fu definitivamente abbandonato il 15 ottobre.

Nel frattempo, il 26 settembre, Patrick Troughton ha ricevuto un nuovo contratto che sarebbe entrato in vigore con lo spazio occupato dai Krotons. L'estensione era di ventidue episodi totali, e si prevedeva che l'attore avrebbe poi lasciato Doctor Who. Il 17 ottobre, i servizi di Wendy Padbury sono stati assicurati per i Krotons e le due serie successive.

La costumista incaricata dei Krotons era Bobi Bartlett. Decise di discostarsi dalla visione di Holmes dei mostri del titolo come uomini cristallini, optando invece per un approccio più robotico. La Jack Lovell Ltd, impresa di costruzioni di oggetti di scena, fu incaricata di costruire i Krotons ma, nella fretta di costruirli, li realizzò in scala sbagliata. Di conseguenza, i Krotons risultarono più grandi e ingombranti di quanto Bartlett avesse previsto, e fu necessario aggiungere una gonna di gomma per nascondere le gambe dell'operatore, che altrimenti sarebbero rimaste esposte.

The Krotons è stata la prima serie a beneficiare del nuovo schema di produzione introdotto per il sesto blocco di registrazioni di Doctor Who, il che ha comportato che tutte le pre-riprese si svolgessero durante una settimana dedicata. Le riprese in esterni si sono svolte in due cave vicino a Malvern, nel Worcestershire, di proprietà della Pyx Granite Company, che hanno rappresentato diverse aree della zona desolata fuori dalla città di Gond. La prima location, il 10 novembre, è stata la Tank Quarry, dove sono state girate anche le riprese dei modellini. Cast e troupe si sono poi trasferiti alla West of England Quarry l'11. Sono seguiti quattro giorni presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra, dal 12 al 15 novembre. Di particolare interesse per la squadra di Maloney è stato il materiale che riguardava l'arma a tubo dei Krotons, il Dottore e Zoe in fase di sviluppo, il carro armato dei Krotons e varie riprese con effetti speciali.

I lavori in studio iniziarono il 22 novembre. Come di consueto, tutti e quattro gli episodi di The Krotons furono registrati in venerdì consecutivi presso lo Studio D di Lime Grove a Shepherd's Bush, Londra. Quando il terzo episodio fu registrato il 6 dicembre, a Beta fu assegnata una battuta originariamente destinata a un altro personaggio di Gond, probabilmente per eliminare il costo di una parte parlata extra. Sfortunatamente, questo fece sì che la puntata finita facesse sembrare che Beta si trovasse contemporaneamente nella Sala Sotterranea e nel suo laboratorio. The Krotons fu completato il 13 dicembre.

Come era accaduto per gran parte della stagione, il primo episodio di The Krotons andò in onda dopo Grandstand, e prima di un aggiornamento sulle notizie e di The New Lucy Show. La settimana successiva, il 4 gennaio 1969, la comica Lucille Ball si sostituì con la sua terza sitcom, Here's Lucy, prendendo il posto di The New Lucy Show. Poi, alla conclusione di The Krotons il 18 gennaio, un cortometraggio animato di Tom e Jerry fu aggiunto tra le notizie e le previsioni del tempo e l'importazione americana.

«Sì. Beh, Zoe è una specie di genio, ovviamente. A volte può essere molto irritante».

Il Dottore