Con l'avvicinarsi della fine delle riprese, la produttrice Verity Lambert e lo story editor David Whitaker iniziarono a definire i piani per il futuro di Doctor Who. Era già stato deciso che ci sarebbe stata una pausa nelle trasmissioni dopo The Reign Of Terror, il che significava che "The Invaders" sarebbe stata la seconda storia della seconda stagione del programma. Lambert e Whitaker erano particolarmente preoccupati per la composizione del cast regolare e considerarono – ma alla fine rifiutarono – di escludere Barbara per ridurre le dimensioni del cast.

Nel frattempo, Carole Ann Ford era diventata insoddisfatta di Doctor Who. Sentiva che Susan non veniva sviluppata adeguatamente come personaggio, e non era stato fatto nulla seguendo i suoi suggerimenti, come ad esempio farle prendere una cotta per Ian. Il marito della Ford, che fungeva da suo agente, aveva tentato senza successo di negoziare una risoluzione anticipata del suo contratto. Il 12 marzo, la stampa riferì che la Ford avrebbe effettivamente lasciato Doctor Who, una volta adempiuti i suoi obblighi alla fine del primo blocco di registrazioni. Con questo in mente, Lambert e Whitaker decisero di sostituire Susan con un'altra adolescente; il cambiamento sarebbe avvenuto alla fine di "The Invaders". Il 30 luglio fu scritto uno scenario di uscita per Susan, che Nation incorporò poi nella sua sceneggiatura per il sesto episodio.

Mentre i lavori di Nation su "The Invaders" procedevano, Lambert stava facendo pochi progressi nei suoi sforzi per assicurarsi un secondo blocco di produzione per Doctor Who. A metà agosto, il responsabile dei programmi di BBC One, Donald Baverstock, aveva concesso a Lambert solo una serie extra in quattro parti da realizzare dopo la storia di Dalek. Tuttavia, Lambert non era disposta a eliminare Susan da Doctor Who se la serie fosse finita un mese dopo. Di conseguenza, aveva urgente bisogno di una decisione ferma da parte di Baverstock. Se fossero stati autorizzati ulteriori episodi, la nuova compagna avrebbe dovuto essere scelta in fretta. Se Doctor Who dovesse concludersi con la serie aggiuntiva in quattro parti, Lambert avrebbe dovuto commissionare una serie di sceneggiature adeguate, modificare i contratti dei suoi attori e assicurarsi che il finale di "The Invaders" fosse riscritto in modo appropriato. Infine, il 14 agosto, Baverstock accettò un'estensione di tredici settimane oltre il sequel di Dalek.

A quel tempo, le sceneggiature di Nation includevano una ribelle adolescente di nome Saida, una ragazza inglese di origine indiana che, dopo la morte di Dortmun, si rivelò essere sua figlia. Saida si imbarcò clandestinamente a bordo del TARDIS alla fine di "The Invaders", diventando la nuova compagna. Successivamente, questo personaggio si evolse in un personaggio bianco di nome Jenny. Altre modifiche apportate durante la scrittura includevano l'evoluzione del cognome di David da Somheim o Sonheim ad Archer. Baker si chiamava originariamente Roger Krish, mentre il primo nome di Larry Madison era Robbie.

L'ambientazione della storia è stata spostata dal ventunesimo al ventiduesimo secolo, il che ha richiesto l'eliminazione di riferimenti al 1980 come anno del primo attacco dei Dalek. I Robomen erano concepiti con solo un piccolo disco sulla tempia, con fili che si insinuano tra i capelli. Invece dei coccodrilli, David e Susan erano minacciati da umani mutanti nelle fogne. Il ruolo di Wells era originariamente molto più limitato: fu liberato dalla navetta Dalek da Ian e lasciato a prendersi cura degli altri fuggitivi. Tre anziane donne vivevano nella baracca nel bosco, al posto della madre e della figlia degenerate. L'episodio finale vedeva i Dalek tentare di uccidere tutti i loro schiavi intrappolandoli nelle miniere, che sarebbero state inondate di lava all'esplosione delle bombe.

Il 17 agosto, Lambert scelse Pamela Franklin per interpretare Jenny e chiese che le venisse sottoscritto un contratto per diciannove episodi. Allo stesso tempo, tuttavia, apprese che William Hartnell, William Russell e Jacqueline Hill erano tutti scontenti dei nuovi contratti offerti per gli episodi aggiuntivi, mettendo a repentaglio il futuro di Doctor Who. Il 19, Lambert decise di procedere con l'eliminazione di Susan dalla serie in "The Invaders", ma chiese a Nation di ridurre l'importanza di Jenny nelle sceneggiature, poiché il personaggio non si sarebbe più unito all'equipaggio del TARDIS. Ciò significava che sarebbe stata trovata un'altra attrice per sostituire Franklin; avrebbe poi ottenuto successo in film come " The Prime Of Miss Jean Brodie" e "The Legend Of Hill House". Lambert riuscì infine a riconfermare le sue tre star rimanenti, in parte grazie alla garanzia di Baverstock, ottenuta il 21 agosto, di altri tredici episodi di Doctor Who. Pertanto, si decise che la sostituta di Susan sarebbe stata introdotta nella serie successiva a "The Invaders", che divenne The Rescue.

Tutti e quattro gli involucri Dalek costruiti per i Dalek furono riutilizzati per "The Invaders". Due di questi furono presi in prestito dalla casa di riposo di Barnardo a Ilford, Londra, a cui erano stati donati dopo la messa in onda della serie originale. Due nuovi Dalek furono costruiti anche dalla Shawcraft Models. Per la prima volta, le sceneggiature di Nation indicavano diversi livelli di autorità tra i Dalek, con l'introduzione di un Dalek Supremo; sarebbe stato rappresentato da uno degli involucri originali, ridipinto per conferirgli una colorazione distintiva.

Era ormai noto che "The Invaders" avrebbe goduto di un'ampia quantità di riprese in esterni, ben oltre quelle di Doctor Who in precedenza. Finora, solo "The Reign Of Terror" aveva beneficiato di riprese in esterni, e solo per tre brevi scene, registrate in un solo giorno e senza la partecipazione di nessuno del cast principale. "The Invaders", d'altra parte, aveva avuto a disposizione quattro giorni di riprese in esterni, e tutti gli attori principali sarebbero apparsi insieme a diversi artisti di supporto. Con questo in mente, lo scenografo Spencer Chapman diede ai Dalek grandi parafanghi per agevolare il movimento. Aggiunse anche un'antenna radio agli involucri, per spiegare perché i Dalek non fossero più confinati ai pavimenti metallici della loro città su Skaro, come in " The Daleks".

La regia di "The Invaders" fu affidata a Richard Martin, che era stato anche responsabile di tre episodi di The Daleks. Martin aveva recentemente diretto il primo episodio di Inside The Spaceship a gennaio. Inizialmente era stato scelto per la serie precedente, Planet Of Giants, prima di essere trasferito a "The Invaders". Per interpretare Jenny, Martin scelse Ann Davies. L'attrice accettò di tingersi i capelli scuri di biondo per essere più facilmente distinguibile da Carole Ann Ford, ma non lo fece prima delle riprese. Di conseguenza, Davies avrebbe nascosto i capelli sotto un passamontagna durante le riprese preliminari.

Il primo giorno di riprese per "The Invaders" è stato il 23 agosto, per il materiale in cui Barbara, Jenny e Dortmun viaggiavano per Londra e che stabiliva il dominio dei Dalek sulla città catturando la loro presenza in diversi punti di riferimento importanti. Martin e il suo team hanno visitato diverse location a Westminster o nelle sue vicinanze: Trafalgar Square, il Parlamento, il Ponte di Westminster, l'Albert Embankment, così come la Royal Albert Hall e l'Albert Memorial a South Kensington. A Trafalgar Square, Spencer Chapman ha suscitato l'ira della polizia quando ha usato il blanco per apporre i segni dei Dalek su alcuni monumenti. Il cast e la troupe si sono poi recati a Wembley, dove il Palazzo dell'Industria è stato utilizzato come museo in cui avevano il quartier generale i ribelli. Le scene stradali sono state girate anche nella vicina Third Way.

Quasi tutto il materiale rimanente è stato girato a Londra. Il 25 agosto, Barbara è stata trasportata al nascondiglio dei ribelli attraverso la stazione della metropolitana dismessa di Wood Lane a Shepherd's Bush, mentre il magazzino esaminato dal Dottore e da Ian si trovava a St Katharine Docks a Wapping. Il 27, le sequenze sul fiume sono state registrate al Kew Railway Bridge, all'Hammersmith Bridge, all'Irongate Wharf a Wapping e, forse la più famosa, al Queen's Wharf a Hammersmith, dove un Dalek è emerso dalle acque del Tamigi per il cliffhanger del primo episodio. Altre scene in magazzino sono state girate a Butler's Wharf a Southwark. L'unico giorno trascorso fuori Londra è stato il 28 agosto, quando John's Hole a Stone, nel Kent, è stata la miniera dei Dalek. Questo è stato il primo di molti casi in cui una cava è stata utilizzata come location per Doctor Who.

A partire dal 3 settembre, i giornali ripresero la notizia dell'imminente partenza di Carole Ann Ford. In quel periodo, la sua ultima serie fu rinominata The Dalek Invasion Of Earth (con la possibilità di prendere in considerazione anche "The Daleks In Europe"). Poco prima della registrazione del primo episodio, World's End, il 18 settembre, il cognome di David Archer cambiò di nuovo, in Campbell. Quel giorno segnò anche il trasferimento di Doctor Who in una nuova sede di produzione: il Riverside Studio 1 a Hammersmith, Londra. La sede originale di Doctor Who, il Lime Grove Studio D, si era rapidamente rivelata troppo arcaica e angusta; negli ultimi mesi, la serie era stata spostata avanti e indietro tra diverse sedi in attesa della disponibilità del Riverside. Come di consueto, tutti e sei gli episodi furono registrati di venerdì consecutivi.

La seconda parte, The Daleks, fu completata il 25 settembre. Fu l'unico giorno in cui il Dalek Supremo apparve con una livrea nera e grigia; per il resto della storia fu dipinto completamente di nero. Il 2 ottobre, durante le prove per la terza parte, Day Of Reckoning, William Hartnell si ferì alla schiena durante la scena in cui il Dottore veniva trasportato in barella lungo la rampa del disco volante dei Dalek. Gli attori che interpretavano i Robomen e gli umani prigionieri avevano ricevuto l'ordine di rompere il gradino mentre attraversavano la rampa, ma non lo avevano fatto. Questo indebolì l'integrità della struttura, causandone il crollo. Fortunatamente, Hartnell stava abbastanza bene da poter continuare le riprese quel giorno.

Con il passare della settimana successiva, tuttavia, Hartnell continuava ad accusare dolore. Dopo una corrispondenza con il suo avvocato, la BBC accettò di pagare per la diagnostica per immagini, che non indicò alcun trauma permanente alla colonna vertebrale. Ciononostante, fu concordato che Hartnell sarebbe stato rilasciato, dietro compenso, dalla registrazione di The End Of Tomorrow il 9 ottobre. Il Dottore apparve inizialmente in una sola scena, rendendo semplice la modifica della sceneggiatura. Inizialmente, era lui a notare la bomba incendiaria del Dalek; ora, sarebbe stato David a farne la scoperta. Il Dottore, invece, crollò all'inizio della scena e il dialogo scritto per lui fu condiviso tra David e Susan. Edmund Warwick, che aveva interpretato Darrius in The Keys Of Marinus, fu assunto per sostituire l'assente Hartnell. Nel frattempo, l'8 ottobre, sembra che sia stata effettuata una nuova ripresa di parte del materiale che coinvolge Barbara, originariamente girato il 25 agosto.

Fortunatamente, Hartnell poté tornare per l'inizio delle prove della quinta parte, The Waking Ally.

Il giorno prima della registrazione, il 16 ottobre, i britannici si recarono alle urne per le elezioni generali (in cui Harold Wilson divenne Primo Ministro in virtù di una vittoria di misura del partito laburista). Di conseguenza, non erano disponibili videoregistratori, il che rese necessaria la decisione di Martin di registrare su pellicola da 35 mm. Il venerdì precedente, il costume di Serpeverde di Shawcraft aveva fatto un debutto piuttosto inefficace; nella settimana successiva, la compagnia apportò una serie di migliorie.

Il primo blocco di produzione di Doctor Who – e la presenza di Carole Ann Ford nel programma – culminarono con la registrazione di Flashpoint il 23 ottobre. Fu un'esperienza ardua, con la complessità tecnica dell'episodio aggravata da una serie di guasti alle apparecchiature. William Hartnell ne fu particolarmente frustrato e finì per dimenticare parti del discorso d'addio del Dottore a Susan.

L'invasione dei Dalek sulla Terra segnò anche la fine del ruolo di story editor di Doctor Who per David Whitaker, a causa di impegni precedentemente assunti per altri progetti. Tuttavia, aveva già accettato di scrivere la serie successiva in produzione, The Rescue, che avrebbe introdotto la nuova compagna Vicki. Whitaker avrebbe anche contribuito alla sceneggiatura della versione cinematografica di The Dalek Invasion Of Earth, prodotta da Milton Subotsky in collaborazione con Aaru Pictures. Come per Dr Who And The Daleks (la versione per il grande schermo di The Daleks, a cui Whitaker contribuì anche), Daleks: Invasion Earth 2150 AD vedeva Peter Cushing nel ruolo dello scienziato umano "Dr Who" ed era diretto da Gordon Flemyng. La prima puntata fu il 22 luglio 1966.

Il sostituto di Whitaker come story editor fu Dennis Spooner, che aveva iniziato a seguirlo il 6 agosto; Spooner aveva da poco scritto The Reign Of Terror. Il cambio di ruolo avvenne formalmente il 31 ottobre, quando Whitaker aveva già completato gran parte del lavoro preparatorio per la prima parte del secondo blocco di registrazioni. In quel periodo, anche Mervyn Pinfield, che era stato produttore associato del programma, stava terminando il suo coinvolgimento in Doctor Who. Si ritenne che Lambert avesse abbastanza esperienza come produttore per continuare senza ulteriore supervisione; il ruolo di produttore associato fu quindi abbandonato.

La messa in onda di "World's End" coincise con una riconfigurazione del palinsesto del sabato sera della BBC. Doctor Who andò in onda alle 17:40, venticinque minuti dopo rispetto a " Planet of Giants". Di fatto, si scambiò di posto con "Juke Box Jury", che ora precedeva Doctor Who. Questo significava che "The Dalek Invasion Of Earth" introdusse un aggiornamento sulle notizie, seguito dall'undicesima stagione del poliziesco " Dixon of Dock Green". Il 26 dicembre, la messa in onda di "Flashpoint" fu posticipata alle 17:55, per consentire l'inclusione del film per famiglie del 1946 " Black Beauty" nel palinsesto del giorno di Santo Stefano.

Sebbene i Dalek fossero stati molto popolari dopo la loro prima apparizione, la programmazione di The Dalek Invasion Of Earth a novembre e dicembre suscitò un'ondata di entusiasmo per i Dalek durante le festività natalizie. Il Natale del 1964 vide decine di articoli di merchandising Dalek invadere gli scaffali dei negozi. Cavalcando quest'onda, The Dalek Invasion Of Earth divenne il serial di maggior successo della serie fino ad oggi, raggiungendo il picco di 12,4 milioni di spettatori e rendendo Doctor Who per la prima volta uno dei dieci programmi televisivi più visti della settimana.