A metà dicembre, tuttavia, l'idea di Nation fu abbandonata e, il 16 dicembre, gli fu commissionata la scrittura di una nuova serie di sei episodi sui Dalek. Gli fu assegnato il titolo funzionale di "The Daleks III" e sostituì la trama interrotta nel programma di produzione. All'inizio del 1965, altri nove episodi furono assegnati al secondo blocco di registrazioni di Doctor Who. Questi avrebbero costituito una storia in quattro parti che avrebbe poi costituito il finale della seconda stagione, insieme a cinque episodi che sarebbero stati rimandati per dare inizio alla terza stagione. Pertanto, le sceneggiature di Nation avrebbero ora costituito la penultima avventura della seconda stagione.

All'inizio di gennaio, la serie di Nation aveva ottenuto il titolo provvisorio "The Pursuers". La macchina del tempo Dalek al centro della narrazione veniva chiamata da Nation "Dardis" (ovvero "Dalek TARDIS"), sebbene questo termine non sia mai stato usato sullo schermo. Come per gli Zarbi in The Web Planet di Bill Strutton, allora in produzione, uno degli obiettivi della storia dei Dalek era introdurre un nuovo importante mostro di Doctor Who. In "The Pursuers", queste creature erano originariamente chiamate Mechon, poi cambiate in Mechonoid (anche se il loro nome sarebbe stato erroneamente scritto "Mechanoid" nei titoli di coda e sul merchandising successivo). Il loro pianeta era inizialmente noto anche come Mechon, per poi diventare Mechanus.

Gli abitanti di Aridius (originariamente Aridus) erano immaginati come creature orribili e gobbe. Le bozze di Nation inizialmente introdussero i Fungoidi su Aridius, invece di limitarli alle sequenze di Mechanus. La spiegazione del Dottore dell'esistenza della casa infestata in un regno del pensiero umano era in realtà l'idea di Nation per il segmento, che la produttrice Verity Lambert temeva avrebbe minato la realtà narrativa del programma e avrebbe lasciato intendere che Doctor Who avesse già esaurito le idee al punto da copiare i cattivi di altri autori. Il Barone Frankenstein fu incluso a un certo punto in queste scene, mentre la Dama Grigia fu aggiunta in seguito. Stranamente, Nation provocò a Vicki un attacco di panico durante la fuga dal tetto della città mechanoid, costringendo Barbara a svenire con un pugno alla mascella!

Dennis Spooner desiderava fornire più collegamenti tra una serie e l'altra, e così aggiunse l'elemento del Visualizzatore Spazio-Tempo sia alla trama di Nation che all'avventura precedente, The Space Museum. A un certo punto, questo si chiamava "Visi-Scope della Curva Temporale" ed era un'invenzione del Dottore. La scena del Visualizzatore originariamente raffigurava i viaggiatori del tempo che assistevano a un discorso di Winston Churchill, invece di un'esibizione dei Beatles. A un certo punto, apparve anche la moglie di Shakespeare, Anne Hathaway. Spooner semplificò anche l'azione su Aridius: Nation aveva immaginato un'intera colonia di bestie palustri che trascinavano Ian e Vicki sottoterra, mentre le revisioni di Spooner richiedevano una sola bestia palustre e aggiungevano la botola di accesso ai tunnel.

Sembra che "The Pursuers" sia stato abbandonato come titolo a fine febbraio e le sceneggiature siano diventate note semplicemente come "Dalek Three". In primavera, l'avventura è stata ribattezzata The Chase. Lungo il percorso, Nation ha scartato diverse idee aggiuntive, tra cui sequenze ambientate nell'antico Egitto (dove la prima delle Grandi Piramidi sarebbe stata eretta sui resti di un Dalek distrutto), sul pianeta Stygian i cui abitanti erano invisibili e sul mondo avvolto dalla nebbia di Vapuron. Questi concetti sarebbero stati successivamente ripresi per The Daleks' Master Plan.

I contratti di William Russell e Jacqueline Hill con The Chase stavano per scadere e, nei primi mesi del 1965, entrambi gli attori dichiararono di stare considerando l'idea di lasciare Doctor Who. Sebbene si ritenesse che non ci fosse bisogno di preservare un personaggio femminile adulto, il ruolo di Ian come eroe maschile era ritenuto indispensabile. A Nation fu quindi chiesto di includere nelle sue sceneggiature un nuovo personaggio maschile adulto che potesse diventare un personaggio regolare: si trattava di un astronauta di nome Roger Bruck. A causa dell'incertezza che circondava il cast principale, Nation scelse di non scrivere personalmente le scene finali di The Chase, lasciando invece a Spooner il compito di determinare il destino di Ian, Barbara e Roger. Verso l'inizio di maggio, quando ormai si sapeva che sia Russell che Hill avrebbero effettivamente lasciato Doctor Who, il nuovo compagno divenne noto come Michael Taylor.

Poiché The Chase aveva requisiti significativi per oggetti di scena e scenografie, furono assegnati due designer: John Wood e Raymond Cusick. Cusick, che aveva creato l'aspetto visivo dei Dalek per la loro storia d'esordio, non era soddisfatto delle modifiche apportate da Spencer Chapman in The Dalek Invasion Of Earth e le fece rimuovere. Tra queste, un'antenna parabolica per spiegare perché i Dalek non dipendessero più dall'elettricità statica (che Cusick sostituì con pannelli solari verticali posizionati tra la griglia anteriore e le sezioni della gonna) e parafanghi più grandi.

I due Dalek originali donati alla Casa del Dottor Barnardo non erano disponibili per The Chase, quindi alla Shawcraft Models fu chiesto di costruire un nuovo involucro per Dalek. Si trattava di una versione ridotta con caratteristiche limitate, che sarebbe stata utilizzata principalmente per sequenze con un rischio significativo di danni (ad esempio, questo era il Dalek sepolto nella sabbia su Aridius). Pertanto, nella nuova serie sarebbero apparsi in totale cinque Dalek regolari. Il loro numero fu amplificato da tre involucri per Dalek realizzati per il film della Aaru Pictures Dr Who And The Daleks, la cui produzione era appena terminata. Gli Aaru Dalek differivano notevolmente dalle loro controparti televisive, quindi subirono alcune modifiche (ad esempio, la rimozione dei parafanghi per compensare la maggiore altezza). Di conseguenza, furono utilizzati solo sullo sfondo di alcune scene.

Christopher Barry, il regista che aveva introdotto i Dalek in The Daleks, fu preso in considerazione per The Chase. Alla fine, tuttavia, il lavoro andò a Richard Martin, che aveva lavorato a entrambe le precedenti storie sui Dalek e che aveva da poco completato The Web Planet. Martin stava diventando sempre più titubante nell'essere associato troppo strettamente ai mostri di Doctor Who, e in particolare ai Dalek; sebbene Verity Lambert lo avesse convinto con successo a tornare per The Chase, quello sarebbe stato il suo ultimo contributo al programma.

La produzione è iniziata il 9 aprile con una giornata di riprese in esterni a Camber Sands, una spiaggia di Camber nell'East Sussex, che fungeva anche da superficie di Aridius. Inizialmente, si sperava di realizzare la scena in cui un Dalek levitava dalla sabbia seppellendo un involucro di Dalek in una duna e poi tirandolo fuori con una corda attaccata a una Land Rover. Sfortunatamente, quando si è tentato di girare la scena, si è scoperto che il peso della sabbia teneva il Dalek saldamente incastrato. La sequenza è stata invece girata come modello presso i BBC Television Film Studios di Ealing, Londra. Le riprese si sono svolte lì dal 12 al 15 aprile e hanno incluso anche le sequenze di Lincoln e Shakespeare che sarebbero apparse sul visualizzatore spazio temporale, le scene di Mary Celeste (che hanno segnato il primo utilizzo in Doctor Who della cisterna d'acqua di Ealing) e la battaglia tra i Dalek e i Mechnoidi.

Nel frattempo, il 10 aprile, i Beatles registrarono un'esibizione del loro nuovo singolo Ticket To Ride al Riverside Studio 2 di Hammersmith, Londra. Il filmato era destinato all'edizione del 15 aprile di Top Of The Pops, ma era stato ottenuto il permesso per utilizzarne una clip anche in The Chase. Si trattava di un allontanamento considerevole dall'idea originale di Nation, che prevedeva di mostrare la band esibirsi in un concerto per il cinquantesimo anniversario, con i Fab Four vestiti da anziani. Sembra che gli stessi Beatles fossero interessati alla proposta, ma fu bocciata dal loro manager, Brian Epstein. Ticket To Ride sostituì una precedente proposta di rendere disponibile al team di Doctor Who una registrazione di I Feel Fine del novembre 1964.

Il primo episodio di The Chase, The Executioners , fu registrato il 30 aprile; come di consueto, tutti e sei gli episodi furono girati di venerdì al Riverside Studio 1. Il 6 maggio, Douglas Camfield (che aveva recentemente diretto The Crusade) e un fotografo di scena accompagnarono William Russell e Jacqueline Hill in un'escursione in diversi luoghi simbolo di Londra. Il loro obiettivo era catturare le immagini che avrebbero costituito il montaggio dell'episodio finale. Il 10 maggio, nell'ambito delle riprese preliminari di The Time Meddler, Camfield supervisionò anche il segmento dell'autobus londinese a Ealing, così come il ritorno di Ian e Barbara al 1965, che fu registrato presso l'officina di manutenzione dei Film Studios.

La terza parte, "Flight Through Eternity", fu registrata il 14 maggio. La guida interpretata da Arne Gordon, anonima sullo schermo, veniva indicata in alcuni documenti come Henry de Voort. Durante le riprese di " The Web Planet", Martin aveva rifiutato di ingaggiare l'attore Peter Purves per il ruolo di Menoptra, ma aveva promesso di trovargli un ruolo migliore. Questo si rivelò essere l'odioso turista americano Morton Dill in "Flight Through Eternity". Purves si dimostrò popolare tra il cast e la troupe, molti dei quali lo raccomandarono a Verity Lambert per la parte del nuovo compagno, Michael. Lambert e Spooner furono d'accordo e offrirono il ruolo a Purves più tardi quella sera.

Purves trascorse la settimana successiva lavorando con Spooner per definire meglio il personaggio; fu durante questo processo che il suo nome fu cambiato in Steven e acquistò il suo panda giocattolo, HiFi. Il 21 maggio, Purves fu formalmente ingaggiato per interpretare Steven Taylor per tredici episodi, fino alla prima storia del successivo blocco di registrazioni (in definitiva The Myth Makers). Lo stesso giorno, Maureen O'Brien ricevette un'estensione del contratto per lo stesso periodo. Poi, il 24 maggio, William Hartnell fu confermato fino a metà della terza stagione (la serie che sarebbe diventata The Celestial Toymaker).

Negli episodi quattro e cinque, Edmund Warwick si è unito al cast per sostituire Hartnell in scene che coinvolgono sia il vero Dottore che il suo doppelganger robotico. Secondo Warwick, questa parte è stata scritta appositamente per lui, come ringraziamento per il suo aiuto nel sostituire Hartnell quando la star della serie si è infortunata durante le riprese di The Dalek Invasion Of Earth. Dato che Warwick assomigliava solo vagamente a Hartnell, si è deciso che le apparizioni di Warwick sarebbero state limitate a inquadrature lunghe e che la voce di Hartnell sarebbe stata doppiata su tutte le sue battute. Nonostante ciò, un dialogo è stato inavvertitamente trasmesso con la voce di Warwick. Insolitamente, la registrazione del 28 maggio del quinto episodio, The Death Of Doctor Who, è iniziata nel pomeriggio anziché la sera. Questo è stato fatto in modo che la sequenza del Dottore che combatte contro il robot potesse essere completata separatamente dal resto della puntata, in considerazione di quanto sarebbe stato fisicamente impegnativo per Hartnell interpretare il materiale.

"The Planet Of Decision", registrato il 4 giugno, ha visto il ritorno di Purves, che ora interpreta Steven Taylor. Ma mentre un personaggio si univa al cast ricorrente di Doctor Who, i Mechnoidi si stavano affermando come una creazione unica. Il loro design ingombrante e poco maneggevole li rendeva molto difficili da usare efficacemente, soprattutto negli spazi ristretti dello studio di registrazione. Come gli Zarbi di " The Web Planet" prima di loro, i Mechnoidi sarebbero sopravvissuti principalmente negli spin-off di Doctor Who, come la striscia a fumetti Dalek sulle pagine del settimanale TV Century 21 di City Magazines , piuttosto che nel programma stesso.

Questo fu anche l'ultimo giorno di Doctor Who sia per Russell che per Hill. Hartnell era particolarmente dispiaciuto per la loro partenza, che lo lasciò come l'ultimo membro del cast originale rimasto nello show. Poiché Spooner era stato incaricato di scrivere la successiva serie in produzione, The Time Meddler, The Planet Of Decision fu anche l'ultimo episodio in cui fu accreditato come story editor. In linea di principio, Spooner cedette il lavoro a Donald Tosh in questa fase; Tosh lo aveva seguito per tutta la produzione di The Chase. Tuttavia, Spooner avrebbe continuato a occuparsi di story editing non accreditato di Doctor Who per diverse settimane ancora.

Solo il 18 giugno la BBC annunciò che Purves si sarebbe unito a Doctor Who, appena una settimana prima del debutto di Steven sullo schermo. Piccole modifiche furono apportate al palinsesto del sabato sera di BBC1 in diverse occasioni durante la trasmissione di The Chase. Sia il secondo che il quinto episodio presentarono gli highlights del cricket dopo l'aggiornamento delle notizie, che di solito si trovava tra Doctor Who e The Dick Van Dyke Show. L'addio di Ian e Barbara il 26 giugno, nel frattempo, lasciò il posto non solo alle notizie e al meteo, ma anche a quarantacinque minuti di copertura del tennis di Wimbledon, con le disavventure di Rob e Laura Petrie posticipate a più tardi in serata.

Nel frattempo, la messa in onda della prima parte di The Chase fu discussa quattro giorni dopo, alla riunione del 26 maggio del Programme Review Board della BBC. Lì, il responsabile dei programmi della BBC Television, Huw Wheldon, osservò che Doctor Who non stava sfruttando a sufficienza l'enorme popolarità dei Dalek. Quando fu informato che una quarta serie sui Dalek era in programma per l'autunno, il direttore della televisione Kenneth Adam indicò che la sua durata avrebbe dovuto essere più che raddoppiata, da sei a tredici episodi. L'appetito del pubblico britannico per i mutanti di Skaro stava per essere messo a dura prova come mai prima...

Questa storia fu commissionata frettolosamente a Terry Nation quando un'altra delle sue storie, apparentemente una ripresa del suo storico "The Red Fort" della prima stagione fu abbandonato